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2020年10月份Github上热门的开源项目

10月份GitHub上最热门的Java开源项目排行已经出炉啦，一起来看看上榜详情吧：

https://github.com/huanzi-qch/base-admin

Star 1499

Base Admin一套简单通用的后台管理系统，这套Base Admin是一套简单通用的后台管理系统，主要功能有：权限管理、菜单管理、用户管理，系统设置、实时日志，实时监控，API加密，以及登录用户修改密码、配置个性菜单等

https://github.com/TeamNewPipe/NewPipe

Star 11307

NewPipe是一款Android下的第三方YouTube客户端，支持画中画、后台播放、变速播放、可查看留言、可导入订阅频道、可使用Kodi播放，是一款功能非常完善的油管客户端。

https://github.com/hyb1996/Auto.js

Star 8415

Auto.js是一款强大的不需要root的类似与按键精灵的软件，可以让你跟电脑中按键精灵一样实现自动点击，打开应用等等功能，能够解放你的双手，以及双眼，轻松的帮助你完成各种日常工作。

https://github.com/doocs/advanced-java

Star 493206

本系列知识出自中华石杉，可以作为互联网Java工程师进阶知识完全扫盲。学习本系列知识之前，如果你完全没接触过MQ、ES、Redis、Dubbo、Hystrix等，那么我建议你可以先在网上搜一下每一块知识的快速入门，跟着入门Demo玩一下，然后再开始每一块知识的学习，这样效果更好。

https://github.com/elunez/eladmin

Star 11697

项目基于Spring Boot 2.1.0 、 Jpa、 Spring Security、redis、Vue的前后端分离的后台管理系统，项目采用分模块开发方式， 权限控制采用RBAC，支持数据字典与数据权限管理，支持一键生成前后端代码，支持动态路由。

https://github.com/AntennaPod/AntennaPod

Star 3166

AntennaPod播客是Android平台难得的精品播客应用，内置中文，支持曲目下载与iTunes订阅导入。

https://github.com/zhangdaiscott/jeecg-boot

Star 16933

这是一款基于代码生成器的JAVA快速开发平台!提高UI能力的同时，降低前后分离的开发成本，JeecgBoot还独创在线开发模式，No代码概念，一系列在线智能开发：在线配置表单、在线配置报表、在线设计流程等等。

https://github.com/TheAlgorithms/Java

Star 31964

该项目用Java实现的所有算法。

https://github.com/hollischuang/toBeTopJavaer

Star 18030

Java工程师成神之路，完整大纲如下：

https://github.com/Anuken/Mindustry

Star 6314

Mindustry是由AnukenDev开发和发行的一款开放式的塔防游戏。在这款游戏中，你的防御塔将不再像一般的塔防游戏一样可以无限开火，而是需要你将炮弹通过传送带运到炮塔上，因此你需要设计一系列合理的供应路线，同时生产基本的材料，保卫你的基地。游戏还支持多人跨平台游戏和PVP模式。

https://github.com/Snailclimb/jsoncat

Star 289

这是一个仿仿Spring Boot但不同于Spring Boot的一个轻量级的HTTP框架。

https://github.com/seven332/EhViewer

Star5788

EhViewer是一款非常绅士的漫画阅读软件。ehviewer上汇集了海量漫画资源。

OPPO Find X3 Pro一个月使用感受

五千字真实使用感受加多图分享

之前用的荣耀30Pro，除了那块不怎么样的屏幕&严重偏色的根本不广的超广角其实都还好，麒麟990应付我的日常使用场景也算是轻而易举了，加上我mpp、gt2、fbp的加持下整体使用体验还是不错的，多屏协同也是我经常使用的功能。

但是拍照方面越更新越拉胯，加上分家之后系统维护本来就不怎么样的情况下更拉垮了，然后鸿蒙OS肯定不会是第一批更新，鉴于曾经MagicUI的各种神奇阉割操作估计换了鸿蒙也一样，于是乎萌生了换新机的想法

用过的和正在用的华为设备

部分曾经用过的苹果设备的盒子

作为使用过安卓和苹果两大阵营的用户，使用过曾经的苹果生态大概两年时间：6s+iPad Pro+mba+AirPods，和曾经的华为生态：荣耀30Pro+matepad pro+watch gt2+fbp+破解多屏协同也快一年时间了，深深感觉华为的生态是越做越好了，可惜手机业务因为不可抗力难以为继了

按道理说连着用了mate10、mate20pro、荣耀30pro三代菊花系手机了，而且买了一大堆配件，本来是想换回华为的，奈何mate40p这个大杯确实有点大，超过200g的重量让我有点受不了，几次去体验店感受之后还是放弃了，单手操作对于我这种小手用户很不友好，至于标准版相对而言阉割的有一点多（我主要关心拍照和充电），于是乎就想着换个牌子用一用吧

首先就把珠海小厂和国际大厂排除掉了：三星的话曾经我父母分别用过远古时期的s2和不那么远的note5，体验一言难尽导致我对品牌印象欠佳（虽然其实当时安卓都不咋样），今年的话s21中大超大杯差距有点明显，然后全系充电速度...只能说很有大厂风范，菊花的40w我都已经觉得很慢了，pass掉；

然后某小而美的珠海小厂，本来还对宣传的三零很有好感，但身处西安的我在西华门十字来回转了几圈也没见到家体验店&考虑到它的体量很担心系统维护和售后问题pass了；于是乎也就蓝绿+一加了，vivo因为单扬声被pass，虽然看了这代拍照效果是真的不错，但单扬声器体验过于差劲、一加的话对于才开始使用的ColorOS还是效果存疑；至于苹果，作为一个被6s的续航和垃圾电池深深伤害过的人，坚决不会再碰了

于是乎在find x3标准版的870和pro的888中间纠结了一段时间，内存、防水的差别我感觉无所谓，续航散热标准版还能好些，但考虑到更好的isp和基带，以及12g内存还是入了x3pro，主要870手机的价位除了oppo都...让我花4999买个870还是有点膈应

首发送了个礼盒（我不是首发买的，但是京东后来又开始送了），一个硅胶套+一套65w vooc充电器，还是要给好评的，硅胶套手感不错，但非常不利于散热，手机自带的壳子不咋样，用了几分钟就扔了

长条形的盒子，表面哑光质感

一打开就是手机本体了，下面是极其不环保的充电器+线+壳子+耳机套装

背面照，这个时候摄像头模组因为摸了一下肉眼可见的脏

我买的是雾蓝配色，ag后盖手感好评（不过我目前最喜欢的后盖还是m20p的翡冷翠，也是我曾经使用过很长一段时间的主力机型，手感和玻璃本身的光泽度俱佳，可惜这么好的工艺用了一代就无了），但是整个玻璃背板比中框小一圈导致裸机握持会有割手感，不知道OPPO在想什么，差评

只有老旧的mate10能拍了，不知道能不能看出来玻璃和中框的落差

另外就是这个广受差评的摄像头模组了，虽然日常使用看不见，但这玩意儿就是丑没啥好说的，个人觉得可以跟11u竞争最丑摄像头模组了，然后整体造型不能说和iphone一模一样，只能说是镜像粘贴，ag版本的摄像头模组盖板玻璃还是亮面的，协调度极差，割裂感极强，在这点上镜黑的一体感会好很多，但又太沾指纹

怎么看都跟好看无关的模组

除此之外整体做工还是可以的，没有开胶缝隙以及按键手感松之类的毛病，这点比菊花还是强不少的，我用过的三代都有按键松垮的毛病

正面颜值还是可以的，至少比我用的荣耀30pro的大药丸好上不少，上下边框我觉得也OK，曲面程度比较小，基本没有我之前用mate20pro和荣耀30pro的曲面发绿问题，但握持感上就差了不少，见仁见智吧

拍起来发红，实际上屏幕颜色很正

本人单手握持演示，如果是m40p的宽度左侧有很大一部分没法直接触碰到

作为曾经用过火麒麟970的用户，尤其还是用的970机型最差散热的mate10的我，我原以为我应该能容忍火龙888的表现，但事实上，我还是低估了高通这代用了三星工艺的拉胯程度（作为一个6s台积电用户没被三星毒害过、大意了），在使用的这一个月时间里，我深深地被火龙888所震撼（加上oppo的蜜汁调度），户外使用情况下过热必定降屏幕亮度，而且是降到完全不可见的程度，等到温度降下来又会突然拉满亮度。

4月初在河南旅游的时候户外半天时间触发过4次，而之前用荣耀在户外只有在西安6-9月烈日直射下才会有同样的发热；刷刷微博听歌这种非常低负载的场景竟然也会偶尔发热；打游戏就更不用说了，几盘王者下来机子发热严重，然后我就知道该休息了，不得已买了个黑鲨散热背夹才算有所改善

另外个人使用中发现，888的WiFi比990好一些，买回来之后实测同时开启测速的情况下990的荣耀下载速度抢不过find，但是上传速度则是990要好一些，不过差距都不算大；至于手机信号感觉不太行，之前去河南旅游就感觉信号有点差，但在wp7新吧问了下吧友都说是人多+河南电信不行的问题。

就没多想，结果回来西安使用发现这手机信号跟990差的有点多啊，同样的电信5g，我周末都会在小寨那一片跟家里人吃个饭，然后步行转到南门坐个公交回家，之前荣耀步行全程信号都没有问题。

结果现在用的Find上周末从吉祥村吃完饭步行路上有三四次信号从4格掉到1格，在体育场到南稍门这段路上全程网络处于不可用状态，即便是正常的情况下开应用首页图片加载也有较为明显的差距，地铁2号线也偶尔会出现满格信号应用无网络服务的情况，而且也不是人爆满的高峰期

WiFi速度比较稳定，我的荣耀多数情况下在350mbps不到

在郑州的时候，明明有覆盖也打开5g了却没有5g信号，后来打开联通卡的5g后又有了，莫名其妙

非常慢的电信4g，西安原先用m20p的时候城区大概能跑到100mbps

很多人说珠海小厂被绿厂挖人之后，ColorOS进步明显，但我实际体验下来之后，我只能给个及格分，主要体现在有些过于离谱使用起来恶心到我的地方：

1.相册不能屏蔽，而且扫描机制竟然把我ehviewer下载的本子能扫出来，差点在发图片的时候选错导致当场社死，那个隐私空间更是并卵，放进去之后再放出来还得选个图集，我就不想让相册显示就这么难吗？用第三方文件管理器创建nomedia也没效果；

成功扫出来了所有本子...差点给人发照片的时候点错导致社死

2.过于严苛的权限管理（当然对于有些用户可能是优点），刚拿到新机的时候通过浏览器安装应用，竟然允许之后还要输密码...真就觉得使用群体全是小白（当然oppo的主要购买群体可能确实是），然后自启动权限放在手机管家里，辅助功能自启（没记错的话是这个）还只能允许最多5个常驻，我轻启动+轻息屏+华为运动健康就占了一多半了，杀后台我觉得比华为的省电精灵还可怕（除了不会建议干掉系统应用和服务以外）；

离谱

3.主题混搭都没有，我也是无语了，被人吐槽主题难看老干部风的EMUI都有，你都没有也是离谱；

菊花的主题混搭，很好用

4.自带应用广告太多，尤其是钱包应用与其说是广告太多，不如说是金融广告应用加上了nfc卡相关操作，软件商城时时刻刻误导你下载安装其他应用；

同样的钱包应用对比，虽然华为也有不少广告，但OPPO吃相极其难看

5.不重要通知设计，这个功能的提出者一定脑子不太好使，你觉得不重要就给我一缩，结果就是本来很多通知栏的信息和快捷功能就这么被干掉了，比如用ssr时候通知栏看速度、切换节点，e站看下载速度之类的操作，然后我研究了很久也没发现怎么能让应用通知“变重要”，就不能给用户自己决定的权利？

以梯子为例，明显的不重要通知把快捷功能干掉了

6.神奇的游戏调度，我最常玩的手游是江南百景图，正常情况下进去后因为加载资源会卡大概一两秒后正常，但是这手机经常性进去一直卡顿，必须重启应用才行，怀疑是调度机制的问题，自作聪明认为不吃性能就不给好好调度；

7.息屏显示，本来作为一个被阉割息屏显示的荣耀用户终于有很多种类的aod可以用很开心，然后就发现一是息屏显示没有在主题商城有板块，切换下载都要从设置点进去、其次息屏亮度明显较低很多场景下不明显。

而且每次从系统分身切回来后息屏样式会被覆盖掉，但是这个时候你点进去息屏样式设置预览就是覆盖的样式，但你之前应用的样式还是处于选中状态，点进去之后竟然会显示你没有购买...然后返回再进去重新应用后恢复正常，下次从分身切回来就会又被覆盖，不知道是想干啥；

大家注意，这个时候下面我的息屏的白色圈代表了正在应用，但预览效果却不是这个息屏效果

8.Breeno速览界面的快递信息更新奇慢无比，经常开始派送了它这儿还是显示在路上，而且除了淘宝京东买的东西，别人寄的东西的物流永远不会出现；

9.过热降频机制有点迷，这个也是因为打王者发现的，机身发烫之后退了王者回到桌面后所有动画掉帧极为明显，大概持续几分钟时间等机身温度不是烫手了就有一下恢复正常了；后来发现温度不是特别高的时候（大概就是上边框比较热但不烫手的程度）也会触发，可能是调度机制的问题

10.奇奇怪怪的bug

这是张竖图...横屏检测过于灵敏导致起点进章节那一刻手机稍微倾斜就会切换到横屏再切换回来，然后就这样了

一直使用的QQ的主题在oppo上经常黑

当然也有一些EMUI没有的：

1.打游戏的时候社交应用的通知会跟弹幕一样显示，既不遮挡游戏又不怕没通知；

通知效果示意

2.闪回键配合百度地图、滴滴（貌似也就这几个应用支持）非常好用；

右上角的小窗就是闪回了，这样可以在正常使用应用的同时查看简略导航情况

3.动画流畅度和跟手度不错；

4.小窗比华为的残废好不少；

5.游戏空间功能也比华为多很多，尤其闪电启动虽然可能是没有关后台但游戏加载速度提升明显；

6.Breeno速览比负一屏快捷功能多一些，可以显示8个，菊花是4个，不过菊花新更新的负一屏UI我觉得好看点；

两个对比，各有所长吧，另外华为的那个快递信息OPPO就没有加载出来

7.应用可以指定接受通知的类型；

以菜鸟为例，可以自定义通知类别

8.应用通知绝大多数默认关闭，少了很多垃圾推送。

说实话，这个摄像头模组是真让人纠结，你说它好吧，长焦的画质和色彩都不能更拉垮了，之前使用的荣耀作为3k价位的手机搭载的800w潜望式长焦除了触发机制迷惑以外全方位吊打这个凑数长焦，以及一个说是用户调研结果没多少人用砍掉了前代潜望式长焦后加上的没啥卵用还占地方还硬是凑了个致敬iphone布局的显微镜头；

说他不好吧，主摄和广角用的同一块cmos，画质、色彩一致度非常好，虽然这个cmos现在也只能算是第一梯队垫底的cmos，imx700、hmx2、imx789都比这imx766底大，但整体成像质量我还是很满意，尤其广角在外出游玩非常好用，基本全程广角拍照；

所以如果能把垃圾长焦和显微镜换一个潜望式长焦就完美了，可惜对于OPPO来说换不得，宣发把显微镜作为主要卖点实在令人困惑了，感觉是强行制造卖点；

放几张去河南旅游的照片吧、我个人是很满意的，尤其色彩比我之前用的华为要合我口味一些，不是过分艳丽，不过m40p色彩反而又回归真实了，和我舍友吃饭的时候拍照试了下他的m40p整体亮度和颜色确实要比我的oppo真实很多

隋唐遗址公园，拍了个夜景没进去

老君山金顶

老君山金顶和大殿

嵩山书页崖

2k+120hz+ltpo，除了pwm低频调光（我倒没啥感觉，可能近视+高度散光导致感知不强，也可能因为没用过啥好屏幕习惯了）以外应该是国产手机搭载的最好的屏幕了，尤其是从华为换过来感知明显，细腻程度、阳光下的可视性天差地别，摄像头开孔也比菊花的大药丸小很多，看视频的时候区别明显

65w充电，比菊花的祖传40w scp给力不少，30分钟妥妥充满，但是兼容性好像有点问题，外出旅游期间我用支持18w pd的充电宝给这玩意儿边用边冲冲了将近4个小时充满......感觉就是10w的速度

至于续航没用过这么差的，荣耀30pro户外5g+全程fbp听歌差不多能亮屏快6个小时，这玩意儿我在河南旅游的时候户外4g亮屏不到4g小时，5g下......比尿崩还尿崩，外出常备充电宝水平，虽然户外因为屏幕的高亮度+高刷比荣耀耗电高很正常，但这种腰斩续航还是太拉胯了，至于ltpo，除了有一次外出基本只用起点、qq和大众点评发现续航竟然亮屏5个多小时的时候有感知，绝大多数时候还是尿崩（看b站的触发机制感觉对亮度和静止时间要求还是有点高）

户外续航，剩余33%的时候亮屏不到3小时，而且我只要使用的应用都不算高耗电的...

双扬声器立体声效果比较弱（相对于今年其他旗舰机），最大音量不算很大，不过效果还是可以的，之前的荣耀虽然个人感觉立体声效果明显一些但音质要差不少

屏下指纹确实比较靠下，不过在荣耀30pro的锻炼下也算是能接受，但是要往上一些就好了；

另外体积很小的z轴马达，emmm我只能说感知不强，这东西对于我而言就是只要能震动就行，之前苹果因为有压感我觉得震动手感还是挺重要的，但是不知道为啥这东西能变成手机卖点

实测，watch gt2在把华为运动健康自启、电池优化之类全部设置好+锁后台的情况下，通知、来电都是正常的；

然后fbp除了没有弹窗外，佩戴检测，手势全部正常使用（我只测试了我用的poweramp，不保证其他应用也是一样的），而且蓝牙稳定性比之前跟荣耀用还好...黑人问号，但左右耳电量不平稳问题会严重一些

综合各方面使用情况，考虑到我的使用侧重点，给7分不能再多，至于find的命名，说实话不如叫reno算了，看看初代find的设计惊艳（不管那个升降模组实用与否），再看看现在这么个东西，只能说绿厂还是那个绿厂，“不忘初心、以圈钱为大业”

至于购买建议，如果不是像我一样对小米产品印象不佳（我卧室6件小米智能家居设备都不算稳定，吸顶灯掉线、插座掉线、空调伴侣没反应、喊小爱控制设备经常性都跟死了一样毫无反应逼我换了个触屏小爱等等，同宿舍米9用户工作后第一笔大支出装电脑第二笔大支出买了个m40p，所以不想买小米手机；

同宿舍另一个米8用户差点也买了台m40p）或者对于和机身曲度不协调的屏幕R角无所谓，那么我可能更推荐你买小米11系列，因为就目前网上的反馈来看，除了安卓之光好像没有达到预期以外，其他两款算是水桶机了，当然MIUI12可能会是个问题（我再另外一个舍友给他妈买的红米k40天天抱怨问题挺多）；

如果你喜欢这块屏幕，觉得ColorOS也不错、对于这颗质量很好的超广角有需求，对于防水和12g内存没有需求，那我更推荐你买870版本，省1000块钱续航发热还更好它不香吗？

上个我的米家设备截图，防止有人说我故意黑小米

本文经“什么值得买”社区作者@dwp0314sunny授权转载，文章内容仅代表作者观点，与本站立场无关，未经授权请勿转载。

最全植物基因组数据平台 IMP中文教程（核基因组更新到 1000 个植物

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性，在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据，但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据，这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题，我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台（https://www.bic.ac.cn/IMP 点击阅读原文直接跳转）。

IMP收录了1007个高质量的基因组（预期收录所有植物的基因组，目前已收录1007 个），整理了848,565,672个基因，以及2,158个转录组测序样本，涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的10个分析模块，用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从基础数据层面促进药用植物分子代谢途径的解析，进而在推动合成生物学的发展、促进药物发现和药物生产的天然来源的探索方面发挥重要作用。

IMP 针对收录的数据提供了 10 个功能分析模块，示例性结果如下图，包括多基因表达图谱的绘制、共表达基因的搜寻和鉴定、基因簇的展示、BLAST 序列搜索、多序列比对、在线差异基因分析（样品相关性热图、差异基因热图和火山图）、GO/KEGG富集分析、GSEA 富集分析、IGV 基因组浏览器展示、引物设计、序列提取等。

具体见 NAR | 中医科学院陈同等开发整合药用植物组学平台 IMP

数据平台访问地址https://www.bic.ac.cn/IMP/。首页采用平面组合布局，分为导航、网站描述、统计信息和功能展示 4 个部分。

• Logo 设计体现药物特色，药葫芦+DNA 双螺旋体现药用植物分子信息，辅以祥云标识，展示中国特色；
• 轮播图和文字描述网站特色；
• 首页的搜索为全局检索，用户输入基因名字、通路信息或任意基因功能相关单词即可搜索目标基因，开启网站的探索之旅；
• 右侧 2 个视频图标可以跳转当前页面可用功能的具体描述：
• 国内跳转 B 站，国外跳转 YouTube 平台。
• 中间 4 个图标列出数据库收录数据的统计信息：
• 基因数目、基因碱基数、样品数和物种数目。
• 下面 12 个模式图列出网站的主要功能和功能跳转。
• 最后是网站的更新日志。

在首页的全局搜索框中输入基因的名字、基因的功能描述或基因的 GO 注释/KEGG通路注释的信息，即输入任何文字都可以去匹配出关注的基因（当然也有一些文字什么都匹配不出来）。比如默认选中的物种是穿心莲，默认输入的文字是cytochrome p450，我们需要做的就是点击Submit 提交一下，新标签页会出现搜索结果。

如果碰到页面不出来的情况下，请看下浏览器最上部菜单栏下面是否有窗口被拦截的提示。

搜索结果页面的标识条，会用红字标记搜索的文字信息， 蓝字标记选择的物种信息。下面的表格列出所有的搜索结果，分页展示：

1. 可以选择一页展示的条目数增减搜索结果的数目，也可以选择展示所有条目。
2. 可以在右上角搜索框进行二次检索，进一步聚焦要关注的基因。
3. 右上角也可以调节表格中展示哪些列，默认只有 2 列信息，可加列。

独特的 Send to 快捷操作

很多物种的基因名字都是 ID 类似的编号，通常记不住。IMP 可以通过文字或序列的方式搜索出一系列相关基因，选择后，点击Send to 就可以把这些目标基因集发送到对应的功能模块，实现免输入 Gene ID的快速操作。比如查看搜索出的 CYP450 的整体表达信息、基因组的分布信息、批量序列提取、引物设计和多序列比对等。

页面分为 3 个部分：

1. 第一部分展示基因的基本信息，包括名字信息、功能描述信息和序列信息。

1. 第二部分展示基因在不同数据集的表达图谱信息。

• 用户可以选择数据的预处理方式、图形的布局、箱体的排序、数据集来调整展示的内容。
• 同时可以通过padding调整图的左、下、右的空间，以免发生文字溢出。
• 最终的截图图可导出SVG格式，用于文章组图。
• SVG 图也可以在 BIChttps://www.bic.ac.cn/BIC/ 的 SVGEdit 平台进行简单编辑 http://www.ehbio.com/SVGEdit/editor/。

1. 第三部分展示基因的结构（内含子、外显子、UTR 等信息）和蛋白功能域信息。

可以自己按页面选择物种、数据集、样品（非必选的选项如果不选，默认是全选）、输入基因，也可以从搜索结果中直接带过来基因列表。

模糊搜索：支持根据基因的功能描述关键词进行模糊搜索，获取基因名，用于研究一类基因的表达图谱。

提交后获得基因表达图谱展示。

1. 用户可以跳转图形的 padding 信息和高度信息
2. 可视化结果可以导出 SVG 格式
3. 作图数据可以下载，导入 ImageGP/BIC平台进行再次分析

选择物种、Assay type、匹配模式，输入基因名（可以通过Send to功能从其它页面发送过来），提交后获得一个相关性网络图和对应的结果数据。

用户选择物种，输入基因名字，即可进行GO/KEGG富集分析。阅读推文https://mp.weixin.qq.com/s/BCB16M4yI5Qa1tKyZy7WMg或查看视频https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a?p=4了解 GO/KEGG 富集分析的基本原理。

点击后，可调整富集分析结果的配色方案、选择富集的条目进行展示。也可以下载表格文件，到高颜值免费在线绘图平台 ImageGP/BIC https://www.bic.ac.cn/BIC进行自由绘制。

GSEA 富集分析的输入会麻烦一些，目前只支持包含一列基因和一列排序值的 2 列矩阵格式；排序值可以是常见的log2(fold change)，p-value或也可以是其他定量值。

阅读推文https://mp.weixin.qq.com/s/WiYUUALSmb9v5gYVxmjwjA或查看视频https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a?p=5了解 GSEA富集分析的输入数据、原理和结果解读。

默认绘制最富集的 2 条通路在一张图上，可以自己选择绘制哪些通路，也可以将通路绘制在多张图上。

BLAST 是鼎鼎有名的序列搜索工具，这里支持

• BLASTN: nucleotide to nucleotide
• TBLASTN: protein to translated nucleotide
• BLASTP: protein to protein
• BLASTX: translated nucleotide to protein

非模式物种常常没有统一的Gene Symbol，使用的是各种意义不明的 ID，序列搜索是把文献或私藏的序列映射到 IMP 或在 IMP 中搜索序列相似基因的好方法。这就是 BLAST 功能所做的。

IMP 的 Blast 功能支持用户输入单条或多条 FASTA 序列进行搜索，用户也可以选择一个或多个或全部数据集。Advanced parameter处可以设置更多匹配控制参数。

HTML格式的输出会包含匹配区域的序列比对信息。如果用户输入了多条查询序列，可在Results for后面的下拉框中进行选择切换。

Table格式简洁明确地列出每条查询序列在数据库中的匹配序列，可以把匹配出的序列通过Send to功能发送到更多工具页面，快捷使用。

因为 BLAST自身的问题，如果用户选了多个数据库文件，当前会强制输出 Table 格式。正在根 BLAST 沟通中，还未解决。

BLASTN 的匹配得分除以错配罚分 (abs(reward/penalty))的商（比值）越大表示允许的序列直接的匹配度越小。比值为 0.33 等同于序列相似度大于 99%；比值为 0.5 等同于序列相似度大于 95%；比值为 1 等同于序列相似度大于 75%。

It is important to choose reward/penalty values appropriate to the sequences being aligned with the (absolute) reward/penalty ratio increasing for more divergent sequences. A ratio of 0.33 (1/-3) is appropriate for sequences that are about 99% conserved; a ratio of 0.5 (1/-2) is best for sequences that are 95% conserved; a ratio of about one (1/-1) is best for sequences that are 75% conserved

REF: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/

The reward/penalty values are ordered from most to least stringent, with the more stringent values better suited for alignments with high sequence identity.

用户可以通过 3 种方式锁定自己的目标序列：基因组位置、序列、基因 ID，IMP 会提取对应的序列并采用 Primer3根据设定的参数设计引物，输出引物表格。

多序列比对是系统进化树构建的前缀，IMP 支持用户直接输入序列或提供基因名字自动提取序列进行多序列比对。

多序列比对展示处，用户可以调整氨基酸或碱基的上色模式、一行展示的序列长度以便获得合适长宽比的可视化图。

通过功能搜索或序列搜索或差异基因分析完后获得的差异基因，可粘贴到这里的Gene list处，提取其Gene, CDS, Protein 和Promoter序列。

Gene map viewer 用于可视化基因组范围的基因分布，查看用户输入的基因是否在染色体区域成簇存在。设计有 2 种展示模式：

• Overlay：
• 显示染色体局部区域的基因分布
• Annotation：
• 显示基因在染色体水平的分布模式

Overlay可视化结果如下, 可以滚动鼠标缩放可视化区域，点击 Gene block 会跳转到 IGV 页面或基因详情页面：

Annotation模式下可视化结果如下, 如果多个基因位置在 0.2M bp内，则合并在一个三角形中展示。

更多基因共线性分析见 https://www.bic.ac.cn/SynColV。

本部分基于Reads-count矩阵采用limma-voom 进行差异基因的鉴定，然后对筛选出的差异基因进行GO/KEGG富集分析.

该功能涉及多个分析步骤，每个步骤页面结构差不多，下图是对于表单部分的解释。

按图所示，顺次选择每个参数即可 （可选参数可略过）。

针对选中的样品，提取其表达矩阵，并采用DESeq2 类似的方式计算量化因子获得标准化后的数据矩阵，然后绘制样品相关性热图和 PCA 分析。

下图中的左右穿梭框显示了系统自动鉴定出的异常样品和通过检测的样品，用户也可以根据下面的可视化结果自行调整或筛选样品。

下面展示的是样品聚类热图和 PCA 分析的结果图，二者都是交互式图谱。

12个样品的表达相关性热图展示。行列注释中的DE_Group: 用户选择数据的生物分组信息。Single_group: 检查是不是有某个组只有 1 个生物学重。Single_batch: 检查某个批次的数据是不是只有 1 个样本。Outlier: 标识系统鉴定出的异常样品。Suggest_remove: 建议移除的样品。

可视化样品在主成分分析获得的第 1 和 2 组成分构成的空间中的分布. Toolkit 部分用户可以选择其它主成分进行展示，也可以调整点的颜色、大小、形状和绘制数据的分布模式。

拖动要比较的组到对应的框里面去从而进行两两比较。

拖动设置比较组.

计算出的 FDR 值低于用户指定的值且表达变化倍数高于用户指定的值得基因定义为差异基因。

提交前确认样本信息和参数信息。

差异基因分析结果报告包含样品信息、样品相关性热图、PCA 分析、差异基因热图、差异基因火山图、功能富集分析结果等。每一部分结果图都可以做进一步定制，也可以导出数据，放到一款高颜值免费在线SCI绘图工具ImageGP做更多可视化分析。

目录展示结果报告整体内容，各个部分可点击直接跳转。

第一部分是样品整体相关性信息展示。

第二部分是差异基因和富集分析结果展示。

整个结果也可以导出为 PDF 格式：当所有结果完成加载后，按Ctrl + p会启动Printer to PDF或打印到 PDF 功能，点击确认后即可输出 PDF。

IGV 浏览器常用与可视化高通量数据在全基因组范围或局部基因区域的分布，可以用于展示基因表达丰度的高低，也可以用于发现新的可变剪接事件。

关键信息

所有的 track 文件都已标准化为了RPM (reads per million).

所有的 track 纵轴最大值和最小值得已设置为同一个标度，不同 track 的峰图的高低是可比的。

支持基因名字检索。

• IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1
• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3

IMP 于 2023 年 10 月发表于 Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898。

引文：IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics. Nucleic Acids Research, gkad898, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898